左宗棠因祸得福，反而以四品京堂发交曾国藩差遣，并从此飞黄腾达。肃顺在无饷可拨、无兵可战的绝境逼迫下，及时进言，要求任命曾国藩为两江总督。咸丰帝也一反以前所为，转而采取倚重曾国藩湘军集团的姿态。8月10日，清廷又“实授曾国藩为两江总督，并命为钦差大臣，督办江南军务”，“大江南北诸军，均归节制”。
辛酉政变后，新掌权的慈禧太后和恭亲王奕等人，采取所谓“中外同心以灭贼为志”，也即中央朝廷与地方督抚协力同心镇压太平天国的方针，从而更加倚重曾国藩及其湘军集团。1861年11月20日，也即同治帝载淳正式即位的第十天，清廷宣布由钦差大臣、两江总督曾国藩“统辖江苏、安徽、江西三省并浙江全省军务。所有四省巡抚提督以下各官，悉归节制”。已升任太常寺卿的左宗棠也被委以浙江军务的重任，“浙省提镇以下各官，均归左宗棠调遣”。面对骤然涌至的大权，曾国藩亦不禁心绪复杂地感慨道：“昔太无权，今太有权，天下事难得恰如题分也！”