袁世凯得知这个消息后，非常震惊，连忙去见杉村，要求解释，而对方再次向他保证：“日本别无他图。”尽管如此，中日两国军队在朝鲜的存在，导致紧张局势突起，俄国和法国的公使馆于6月10日开始撤离其工作人员。
这时候，朝鲜国内形势发生了戏剧性的变化。东学党听说中日两国军队开到，纷纷自动解散，其首领崔济愚等人也化整为零，潜入地下。6月11日，朝鲜政府和造反者达成了全州和议，清军实际上没有投入平乱之战。
6月12日，日本公使大鸟率领一千名日本官兵返回汉城，告诉袁世凯：叛乱一经镇压，和平与秩序一经恢复，日本会立即撤兵。他接着通知袁世凯：日本有意参与平叛的作战。
李鸿章无意于发动对日战争，但他根据种种迹象分析，意识到情况已是危如累卵，于是命令部队停止于平壤以南的光州。而袁世凯则与大鸟达成了口头协议：两国都不得向朝鲜增兵。然而事实上，日军不撤反增。朝鲜政府面对着将要爆炸的局面，反过来请求李总督撤兵，其理由是东学党听说“天兵”来剿，闻风丧胆，动乱已平。
不仅是朝鲜人请求清朝撤兵，清军总兵聂士成也动了心机，向李鸿章建议迅速撤兵，他的想法是要使日本在朝军队陷于孤立。他认为，清军一撤，在国际舆论压力下，日本也会自动撤军。但李鸿章迟疑不决，要求日本先撤兵，而日本人只是口头敷衍。他们用尽心机欺骗忽悠，从李鸿章手中偷走了主动权，驻朝日军从6月12日的一千人增加到一周后的三千人。6月21日，日军又增至一万五千人。他们精心挑选驻兵地点，占据了仁川、釜山与汉城这些有利位置，人数上以二比一超过了清军。清军现在发现自己处境极为尴尬。他们本来是要到朝鲜南部镇压叛乱的，但如今无法抵达指定地点，因为日军颇有预见性地沿三八线部署，挡住了清军的道路。而清军若在这个阶段撤退，便意味着将中国的宗主权拱手让给了日本。李鸿章左右为难，不知所措。然而，有一件事在他脑子里是很清晰的：他必须不惜一切代价避免与日本开战。