但袁崇焕尚未到宁远，那里就发生了兵变，原因很简单，军队没有粮饷。当时中央无力，财富均被各级官员和地主刮走，国库空虚，拿不出钱来发军饷。袁崇焕建议用内帑（即皇宫中的钱）来发饷，崇祯是一个爱财如命的人，听后十分生气，从此对袁崇焕有了看法，不再像以前那样信任他了。
不久以后，袁崇焕诛杀皮岛大将毛文龙又引起了崇祯的疑忌。
皮岛是辽东南部海中的一个岛屿，地势十分重要，北可联清，东可控朝鲜，西南则可卫护胶东半岛的蓬莱、登州。皮岛守将毛文龙曾抗清有功，但他后来成了魏忠贤的干儿子，还贪污横行不法，并曾写信给皇太极说：“尔取山海关，我取山东。”袁崇焕为了安定形势，消除隐患，便于崇祯二年（公元1628年）七月伏兵捉住了毛文龙，宣布了他的十二条罪状，请出尚方宝剑，将他诛杀。
袁崇焕向崇祯报告了诛杀毛文龙的原因和经过，崇祯十分惊讶，认为他擅杀大将，别有用心。但因当时正依靠袁崇焕来抗清，就未加责备。
皇太极知道自己的力量敌不过明朝，所以一直想议和，但崇祯极其傲慢，根本不予承认，虽经袁崇焕从中调停，总是不能成功。于是，皇太极于崇祯二年（公元1629年）十一月，率兵十余万，绕开袁崇焕驻防的宁远，从西路直奔北京，经过艰难的行军，攻进了长城，进迫遵化，明军纷纷溃退。清军攻克遵化，巡抚王元雍自杀，山海关总兵赵率教也战死在遵化城下。清军攻下遵化后，直扑京师。这时袁崇焕率兵，火速来援，并沿途留下军队以截断清军退路。袁崇焕于十一月十日抵蓟州，但清军绕过蓟州西进，接连攻下三河、香河等城，袁崇焕又急忙带兵去保卫京师，驻兵于北京广渠门外。