为成立中国共产党做出过卓越贡献的“南陈北李”，因工作关系均未能到会。陈独秀时任广东教育委员会委员长一时不能脱身，李大钊则因为“正值北大学年终结期间，校务繁杂不能抽身前往”。而在代表们心目中，他们仍是党的主要创始人和领袖。
大会共召开了七次会议，通过了《中国共产党党纲》、《关于当前实际工作的决议》，并选举了党的领导机构，陈独秀被选为中央局书记。中国共产党就此诞生。
陈独秀当选中央局书记后，不宜继续留在广东政府任职，于9 月中旬返回上海，开始全力以赴主持中共中央的领导工作，没想到却与马林产生分歧。
马林认为，“第三国际是全世界共产主义运动的总部，各国共产党都是第三国际的支部，中共的工作方针、计划应在第三国际的统一领导之下进行”。
陈独秀则认为，“中国共产党尚在幼年时期，一切工作尚未开展，似无必要戴上第三国际的帽子，中国的革命有中国的国情”。加上马林以共产国际代表的身份居高临下，盛气凌人，令陈独秀心中十分不快。
尤其马林在未经陈独秀同意的情况下，私自派张太雷赴日本联络有关事宜，完全不把陈独秀这个书记放在眼里。当陈独秀返沪后听了张国焘等人对此事的汇报，气得公开表示，绝不与马林见面，并打算向共产国际要求撤换马林的职务。