肯尼迪的欧洲之行和课程学习的主要成果，是一篇论述英国绥靖政策根源的大学四年级优等生论文。他花费了两个月的时间写成了长达148页的论文：《慕尼黑的绥靖政策——英国民主从裁军政策缓慢转化为重整军备政策的必然后果》，《纽约时报》专栏作家阿瑟·克罗克帮助他进行了风格方面的修改，并根据温斯顿·丘吉尔的作品《英国沉睡的时候》推荐了一个标题：《英国为什么沉睡》(Why England Slept)。肯尼迪写成这篇论文之后，他的父亲鼓励他出版成书，这本书在美国和英国都得到了好评，销量巨大。1940年6月他以优异的成绩从哈佛大学毕业，并获得了国际关系荣誉学位。
1940年9月，肯尼迪到斯坦福大学商学院学习，以便在加利福尼亚州恢复身体健康。他的研究生课程(只学了一个学期，到1940年12月)理应为商务和国际金融，但他仍然对政治学和国际关系十分感兴趣。健康问题再次导致他于1941年初回到美国东部，忙于找人撰写他父亲的回忆录。肯尼迪曾考虑申请进入耶鲁大学法学院学习，但他后来因陪同家人到南美洲旅行而放弃了这一打算。他游览了阿根廷、巴西、智利并且在乌拉圭、秘鲁、厄瓜多尔、哥伦比亚和巴拿马做了短暂停留。