1645年四月，扬州城陷落。多铎因为攻城的清军遭到很大伤亡，心里恼恨，不仅杀了史可法，还灭绝人性地下令屠杀扬州百姓，大屠杀延续了10天。历史上把这件惨案称为“扬州十日”。
扬州失守后，清军攻破了南京。南明政权的官员降的降，逃的逃，弘光政权也被消灭了。
嘉定三屠
1645年六月，南京城破，南明灭亡。清军下达剃发令，命令江南人民在十日之内一律剃头，并严令“留头不留发，留发不留头”。江南百姓纷纷起而抗清。清嘉定知县强制剃发，起义即时爆发。百姓公推黄淳耀、侯峒曾出面领导抗清。原明降将李成栋率清兵猛攻，城中居民冒雨奋战，坚守不屈。清军用大炮轰城，始得攻入。侯峒曾投河死，黄淳耀自缢，城中无一人投降。李成栋下令屠城，杀害了城中3万多人而去。四散逃亡的民众再度聚集，又一次控制了嘉定。李成栋派遣部将徐元吉镇压，凡是抵抗的乡镇几乎被烧杀殆尽。此为嘉定第二屠。随后绿营把总吴之藩造反，李成栋又一次镇压，嘉定城再遭浩劫，城内城外又有2万多人被杀害。经过嘉定三屠，血腥的兽行终于镇压住了反抗的余波。