在从事教育实际工作之余，赫尔巴特勤奋写作。1802年，他出版了自己的第一本书《裴斯泰洛齐的直观教学ABC》,颇受欢迎，很快销售一空。1806年他出版了《普通教育学》,奠定了他在教育史上的重要地位。1809年，柯尼斯堡大学向赫尔巴特发出聘请，请他接替康德的哲学教席职务，讲授哲学与教育学。
赫尔巴特受聘时非常激动，他在给朋友的信中这样写道：“我能有此机会获得那个教席乃是意想不到的荣幸，我在少年时代学习柯尼斯堡哲人的著作时已常常在充满景仰的梦中渴望这一教席了。”②他在这所大学共任教25年，讲课深受学生的欢迎。当时柯尼斯堡大学约有一半的学生选修了他的课程。他的讲演始终不用稿子，但相当吸引人，教室里总是座无虚席，许多学生上课前就在教室门口早早地等候工友开门。
赫尔巴特不仅致力于讲台，而且积极参与教育改革。为了把教育理论与教育实践联系起来，从1817年起，他在柯尼斯堡大学建立了教育学研究班，进行教育实验活动，这是世界上第一个教育研究所。除此之外，他还创办了师范研究班、附属实验学校，为培养优秀教师作出了贡献。正是在柯尼斯堡大学期间，赫尔巴特形成了具有自己特色的教育理论和方法。