公元前499年，波斯远征纳克索斯岛失败，以米利都为中心的爱奥尼亚诸城邦乘机起兵反抗波斯，这次起义得到了希腊本土一些城邦的支持，雅典派战舰20艘，爱勒特里亚出战舰五艘参加了战斗。公元前498年，起义者焚烧了波斯一个行省中心撒尔迪斯。但由于起义力量分散，缺乏统一领导而失败。这次起义使得波斯人对希腊的进攻推迟了10年。大流士对雅典援助米利都造反，气愤极了，发誓要向雅典人报仇，他吩咐手下人在他每顿饭前都得高呼三遍：“皇帝陛下，记住雅典人!”
公元前492年，一位年轻气盛的波斯将军玛尔多纽斯率军第一次入侵希腊。玛尔多纽斯是大流士的女婿，新婚不久，他就要为他的岳父报仇。波斯大军从达达尼尔海峡出发，分水陆两路，沿色雷斯海岸向希腊挺进。当船队航行到阿托斯海角的时候，遇到一阵猛烈的北风，许多船只被吹到阿托斯山上去了。据说，毁坏的战舰达300艘，失踪的人数有20000多名；有些人被风吹得撞到了岩石上，不会游泳的人在水里淹死了，还有一些人冻死了。波斯的陆路大军则遇到色雷斯人的夜袭，玛尔多纽斯受了重伤。就这样，波斯军队还没有进入希腊本土，只好中途撤军，退回到亚洲。