得此消息，肯尼迪当即暴跳如雷。苏联在古巴部署进攻性导弹，是对美国的战略挑衅，如果任其部署而不作反应，不但有损他在政府中的威信，削弱他在国会的信誉，激起美国公众对他的不信任感，而且还将削弱美国的全球战略地位与国家安全，使美国遭遇苏联中程导弹的直接威胁。于是，他指示乔治·邦迪召集国家安全委员会会议，商讨对策。
10月16日，专门应对古巴导弹危机的美国国家安全委员会第一次会议如期举行。与会人员有国防部长麦克纳马拉、国务卿腊斯克、副总统林登·约翰逊、中央情报局局长麦科恩、参谋长联席会议主席泰勒、负责拉丁美洲事务的助理国务卿爱德华·马丁和前国务卿迪安·艾奇逊等人。肯尼迪并决定由这些人临时组成国家安全委员会执行委员会，负责处理古巴导弹危机事务。会议一开始，就出现了两种不同的主张。参谋长联席会议主席泰勒将军、国防部助理部长保罗·尼采、财政部长道格拉斯·狄龙等人主张对在古巴的苏联导弹基地实行“外科式手术”打击，即通过轰炸摧毁古巴导弹基地。麦克纳马拉则主张进行某种形式的外交试探。争论没有结果。