孔府的元老们在大棒加胡萝卜的威逼利诱下，审时度势，放弃了士林标杆的虚名，转而变成了俗世中的一分子。
朱由检的圣旨发出没多久，在宁波府的孙传庭也发来奏报，言称宁波府毁坏港口案也已告破，涉案人员为宁波当地数名海商所派遣，目的就是妄图阻止朝廷开海之策，现涉案人员及幕后主使俱已被拿获归案，等候皇帝下旨处置。
宁波府这些海商虽然也是雇人行凶，但这些人还是有些分寸，没有造成朝廷派去的人员人身上的伤害，所以，孙传庭在奏报中建议诛除首恶，不搞大肆株连。
虽然当地官府有些官员平时与这些商人过从甚密，但对于海商们的行为确实并不知情。
有鉴于此，朱由检当即批示，宁波府涉及破坏港口设施的人员全部处斩，幕后主使者同罪，家人不涉及其中，家产抄没归公。
与之有牵连的官员罢职归家，永不启用。
对于空缺官员补缺一事，吏部尚书周云建议从山东就近调用，以免从陕西派遣过去后距离太远耽误公事，朱由检考虑之后同意了周云的建议。
