《徐霞客游记》的地理考察成果特别丰富，除前文所述外，还有对流速之差极大的闽北建溪和闽南宁洋溪（即九龙江）的考察。他发现了宁洋溪之所以“悬溜迅急，十倍建溪”[83]是因为宁洋溪流程才300余里，建溪流程长达800余里，而两者的上游高度却相等，所以“程愈迫，则流愈急”[84]，从而得出流程短且河床比降大其流必速的结论。他对云南腾冲等地地热现象也进行了分析，认为这是由于“有炉橐鼓风扇焰于地下”[85]，即有某种致热物质在地下发挥作用。徐霞客还对于云南打鹰山火山喷发尽毁山上大竹巨木、填龙潭成陆及喷口附近多浮岩堆积的状况，作了记载：“山顶之石，色赭赤而质轻浮，状如蜂房，为浮沫结成者，虽大至合抱，而两指可携，然其质仍坚，真劫灰之余也。”[86]他对于山区植物生长与地理高度、温度、风速等关系，也有深刻认识，如言浙江天台山绝顶“荒草靡靡，山高风冽”，而“岭角山花盛开”[87]；云南棋盘山“顶间无高松巨木，即丛草亦不甚深茂，盖高寒之故也”[88]；黄山天都峰峰顶“其松犹有曲挺纵横者，柏虽大干如臂，无不平贴石山如苔藓然。山高风巨，雾气来去无定”[89]等。此外，书中对河曲发育的规律，河岸峭壁如岬角形成的机制（“水啮”），动植物分布与环境，地理纬度和高度对温度变化的影响，三分石为潇水、岿水、沲水三条水系的分水岭、一些水道的源流、去向等，都有独特的、前人所不及的发现。