因身份已经暴露，国统区她是不敢去了，就潜往上海继续进行间谍活动。
太平洋战争爆发后，南造云子在上海日军特务机关任特一课课长，对在上海潜伏的国民党特工、共产党地下党员进行搜捕。多年的间谍工作和长期与国民政府情报系统打交道的经历，使南造云子对国民党军的情报系统工作方式异常熟悉，成为上海滩中统和军统的大患。
南造云子行事跋扈，进入英、法租界抓捕过大批共产党员和抗日志士。从1938年至1942年，她摧毁了10多个国民党军统留下的联络点，诱捕了几十名军统特工，包括军统情报高手万里浪等人均栽在她的手下。丁默邨、李士群等人被南造云子策反而成为其爪牙，以李士群等为首的汪伪特工总部，就是她一手扶植起来的。
由于南造云子在上海横行，军统特工对她恨之入骨，多次策划将她捉拿回重庆的行动，但都因南造云子太狡猾而未能得手。最后特工取消了捉拿她归案的计划，决定用暗杀方式直接清除这一心腹大患。