建武十四年，在朝廷上对用严刑还是宽刑的问题引发了一战场争论，光禄勋杜林用儒家的道理说服光武帝，“孔子曰：‘导之以政，齐之以刑，民免而无耻。导之以德，齐之以礼，有耻且格’”。光武帝听了以后大为赞赏，最后同意了杜林一派的意见。后来皇太子刘疆自求免去太子而去做东海王时，光武帝想到了杜林，任命他作为东海王傅。史称为“故重选官属，以林为王傅”。为诸王“重选官属”的标准，就是儒家的思想标准。
建武二十八年(公元52),光武帝郑重地对大臣们说：“欲置傅者，以辅太子也。今博士不难正联，况太子乎?”这里“傅”是指太子傅，即太子的老师。这一年，太子已经是后来成为明帝的刘庄，光武帝“大会百官”,征求选聘太子傅的人选，有的人想阿谀奉承，于是就违心地推选太子舅父阴识，博士张佚正色进谏说：“今陛下立太子，为阴氏乎?为天下乎?即为阴氏，则阴侯可；为天下，则固宜用天下之贤才。”结果，选用了当时最知名的大儒桓荣。
光武帝的太子立嗣，自己身后的葬礼，也都严格以儒家的大义为准，和儒经的记载联系上。建武十九年(公元43),他废刘疆立刘庄，诏书是以《春秋》大义开头的：“《春秋》之义，立子以贵。”建武二十六年(公元