太平洋战争爆发以前，日本天皇曾得到过军人们的保证：决不能让敌军的炸弹落在神圣的大日本帝国的国土上。这次轰炸虽然对日本造成的物质破坏很小，但日本国民的士气极大地降低了，对日本国民的自尊心造成巨大的震动。
军部为没有保住东京的安全而悔恨，那些反对攻占中途岛的声音听不见了。一心想进攻中途岛的山本五十六，借助美国航空队空袭东京这一事实，再次力排众议。马上与参谋们制定进攻中途岛的具体军事计划。
此次作战计划，主要包括三项独立的但协同作战的军事行动：
第一，攻占西阿留申群岛；
第二，攻占中途岛；
第三，与美太平洋舰队决一雌雄。海战的主要意图是通过攻占中途岛给日本海军和空军夺取基地，继续朝太平洋和西南太平洋进军，与美太平洋舰队决一死战。
为了成功地完成计划，山本五十六动用了日本海军所有的主力，并把这些兵力编成了先遣部队、第10机动部队、进攻中途岛部队、主力部队、北方部队、岸基航空部队等6支部队。