在岩溶地貌中，还有大量各类溶洞及洞内姿态迥异的钟乳石存在。因石灰岩有溶解于水的特性，而我国西南地区恰恰湿热多雨，充足的水流沿石灰岩原始孔隙和裂隙溶蚀，形成地下伏流，这种伏流的通道即是溶洞。随着地层抬升，一些溶洞高出河流水位而为各种形态的平洞；平洞之外还有竖洞，是由山上流水下渗汇流溶蚀石灰岩而成的。在溶洞内，其滴沥水流中的岩酸钙能够析出凝结，天长日久形成了造型各异的钟乳石。明代以前文献对石灰岩溶洞的记载比较简陋，唯有宋代范成大在《桂海虞衡志》中推测过钟乳的成因是“石液融结所为”，其说颇具科学见地。徐霞客深入一百多个石灰岩溶洞，细致考察了这些洞穴的地理位置、结构和成因。如他查清了桂林七星岩洞穴系统是由2大洞府、6个洞天、15个岩洞组成。1953年9月，中国科学院地理研究所对七星岩实地勘测，发现15个岩洞大部分还可以找到，说明三百多年前徐霞客的记述是正确而切实的。徐霞客解释广西三里城佛子岭前岩溶洞及其对面的石润光滑若磨砺的原因是水大时溶洞水满之际反溢逆流，“激涌势壮，故洞与涧皆若磨砺以成云”[69]，说明他已认识到水流增压溶蚀力亦随之增大的科学原理。