一九三六年十月，萧军参加鲁迅先生逝世的治丧工作，任游行队伍总指挥，并参与编辑《鲁迅纪念集》。
一九三七年上海抗战爆发后，与萧红离开上海到武汉，与胡风等共编《七月》刊物。一九三八年年初，应山西民族革命大学之聘，去山西临汾任教。同年三月步行到延安，后参加“西北战地服务团”，与丁玲到了西安，遂与萧红在西安正式离异。萧军想去新疆未成，赴兰州，认识王德芬，并结婚。与王经西安去成都，在《新民报》任编辑。
一九四〇年夏第二次去延安。曾任中华全国文艺界抗敌协会理事，延安鲁迅研究会主任干事，《文艺月报》编辑，“鲁艺”文学系讲师等职。曾参加延安文艺座谈会。
一九四五年随文艺大队去张家口，一九四六年秋到哈尔滨。十一月，到佳木斯，任东北大学鲁迅艺术文学院院长。一九四七年春，返回哈尔滨，担任鲁迅文化出版社社长，并任《文学报》社长及主编。后受到错误批判。一九四九年到抚顺矿务局工作，体验煤矿工人的生活，为长篇小说《五月的矿山》的创作打下基础。