秦二世胡亥很生气，把李斯交给了赵高处置。
赵高对于秦二世这个决定简直是乐坏了，自己是干什么出身啊，刑狱，就算是只老虎进来，也能从他嘴里掰掉两颗牙来。
李斯不是老虎，去掉了所有的官职和权利后，他只是一个文弱不堪的书生而已。
赵高以极其残忍的酷刑拷打李斯，《史记》记载：“榜掠千余，不胜痛。”赵高命李斯承认自己与自己的儿子一起谋反的事实。
李斯没学过共产主义，也不知道几千年后会出现江姐、许云峰这样的面对酷刑却能泰然处之的英雄人物。
他受不了赵高的折磨，招了。冤打成招！
接着，赵高又令十余人诈称御史、谒者、侍中，审讯李斯。李斯翻供，申述冤情，说出真相，可是每一次说出实情时，又免不了一顿毒打。
秦二世看到李斯的供词，他并不相信这是真的，便遣真的御史来复查案情，李斯却以为又是赵高的人捣鬼，不敢再说真话。于是秦二世认定李斯谋反是真。
公元前208年7月，李斯这位秦国历史上的最重要的功臣，被腰斩于咸阳，而他所谓的那些皇亲国戚的儿子女儿及其后代们，全部被杀，无一幸免。而他的死怨不得别人，只因为他一时的贪欲和自私，让他和整个秦王朝随之覆灭，李斯到阎王殿不知道他有没有颜面再去见秦始皇？