新一轮课程改革必须把课程当作一种系统工程来设计，并把课程结构作为这一系统工程建设的突破口。一般来说，义务教育课程结构涉及的问题从纵向来看，主要是依照党的教育方针和素质教育的理念，如何设计义务教育的各个阶段及其管理权力的分配，以确保每一个儿童都享有学习的权利；从横向来看，主要是在每一个教育阶段如何有计划地安排儿童的学习机会以及需要达到的基本标准，以利于每一个儿童的全面的、均衡的发展。这两方面的问题集中体现在怎样处理好分科性与综合性、统一性与选择性、持续性与均衡性这三对矛盾之中。而依据国际课程发展趋势、课程现代化的要求以及我国的国情和教育传统，要重建新的课程结构，尤其要特别关注义务教育阶段课程的综合性、选择性与均衡性。
要处理好这三对矛盾，迫切需要进行课程决策者、课程开发者、学校和教师之间的有效沟通。
课程实施者主要是学校层面的课程组织者及教师。国家或地方所制定的课程结构只有落实到学校当中才能真正体现它的价值，发挥它的功能。而学校课程的组织者和教师能否充分理解国家或地方的课程结构安排和他们在实践中的操作程度将直接决定课程结构组织的最终实现。例如：实践中很多教师对活动课的认识不足，仍然要求配备教学大纲和教科书以便教学，这就违背了活动课程开设的本来意愿；而对于国家课程结构给地方和学校的“空白地带”，学校组织者不能充分利用，形同虚设。像这些由于课程实施者自身观念落后，教育素质较低所导致的课程结构偏离预设轨道的现象也是课程实践领域存在的问题。