2003年3月，《关于幼儿教育改革与发展的指导意见》明确提出建立“由教育部门牵头、有关部门参加的幼儿教育联席会议制度”，并进一步规定了教育部门、卫生部门、财政部门、价格主管部门、建设部门、民政部门、劳动保障部门、编制部门、妇女儿童工作委员会和妇联组织等的相关职责。然而，由于这个文件对各部门之间的职能、权限和责任配置规定不够到位、明确，导致政府各相关职能部门之间职责定位不清，职权责划分不尽合理，其中最突出的就是权责配置交叉，多头管理、批管分离问题突出。例如，城市街道幼儿园在行政上由街道办事处管理，业务上由区托幼办指导，在人事工作的衔接上由区妇联主管。当幼儿园经费陷入困境时，谁也拿不出解决的办法。[11]在幼儿园审批方面，“懂行者没有审批权，有权审批者又不懂行”[12]，“多头审批，批管分离”[13]。
由于现行学前教育政策与民办教育相关政策法规在幼儿园审批登记注册方面的规定不明确且不统一，造成实际执行中民办幼儿园可以在教育部门、民政部门和工商部门等多个部门注册。民政部门和工商部门因缺乏专业力量，既不负责资格审查也不负责园所开办后定期的监督和管理，导致出现了“批管分离”的问题。在民政部门和工商部门注册的幼儿园，往往因为缺乏教育部门及其他相关部门的严格资质审查，存在着诸多不规范的办园行为。这些幼儿园并没有经教育行政部门审批，也没有登记备案，这就导致教育行政部门往往并不了解这些幼儿园的开办情况，或者即便知道这类园所的存在，但因为不是这类园所的审批注册部门，也难以真正做到监管，这直接导致社会上出现了一批办园条件不达标、安全隐患问题突出的“非法幼儿园”。