刘秀于建武二年(公元26)年初，大封功臣，特遣使者重新封邓禹为梁侯，食四县。这时刚好赤眉引军西走，于是邓禹乘机兵进长安，“军昆明池，大飨士卒”,以庆祝所谓的“胜利”。此间，邓禹还做了一件大事，便是拜谒词祀高庙(“高”,指汉高祖刘邦，“庙”,即宗庙),收十一帝神主(西汉十一位皇帝的供奉牌位),派遣专使护奉送到洛阳；另还巡行西汉诸帝的园陵，“为置吏士奉守焉”。
邓禹就在这个时候，按照刘秀的指令，把更始的尸体“葬之于霸陵”。更始投降赤眉后，封为长沙王，依谢禄而居。最开始的时候，还较自由，但不久发生了“故人”策划更始逃跑事件，自此以后谢禄加强了对更始的监管，甚至连刘恭也不能见他。随着时间的推移，三辅地区的民众对赤眉的暴虐越来越不满意，反而怜念起更始来。此时，三辅地区还有很多更始残余势力，其东山再起的可能性仍然存在。曾反叛更始的张卬等看到这种情况深感忧虑，担心一旦更始复位自己便要遭殃，于是挑拨谢禄，把更始“缢杀之”。刘恭闻知消息，夜里偷偷地去将更始的尸体收藏起来。
当刘秀得知这个消息之后，还是难过了一阵子，遂下诏邓禹，令将更始葬于霸陵。然而这个时候邓禹正在上郡、北地等处休兵，离霸陵很远。估计应是邓禹进入长安后，才完成这一特殊使命的。赤眉军虽然退出长安，兵力还是相当强大，“众号百万”。他们在南郊祭天之后，便沿南山(秦岭)西进。“盆子乘王车，驾三马，从数百骑”,在场面上也算壮观。在郿(今陕西眉县东)他们与更始将军严春交战，“破春，杀之，遂入安定、北地”。这时据天水的隗嚣，派遣将军杨广迎击赤眉军，赤眉被击败；紧接着，杨广又追败赤眉于乌氏(今甘肃固原南)、径阳(今甘肃平凉西北)之间。连吃败仗的赤眉军，没有办法被迫退到阳成、番须(大体在今陕甘交界的山区)中，偏偏又“逢大雪，坑谷皆满，士多冻死”。