南昌的克复，标志着江西战事胜利结束。孙传芳在江西战场上投入的10余万兵力大部被歼，其在东南五省的统治大受摇动。据中共中央观察：“江西下后，国民政府已得了中国的一半，革命军胜利的声浪震撼全国，虽妇人孺子亦能举蒋介石之名并附会以许多神话。向日丑诋北伐军之反赤宣传，在一般民众中已不生影响，国民政府势力所及下的群众，均已纷纷起来。这次战争的胜利，在中国革命的历史上关系是很重要，在国际上亦有意义，帝国主义者对华的态度都不能不随着北伐军之胜利而有点改变了。”
在北伐进攻江西的同时，福建战场亦于10月5日拉开战幕。福建属于孙传芳所辖的东南五省之一，由周荫人执掌军政大权。周荫人虽不是孙传芳的嫡系，其战略意图与孙传芳也不尽一致，但作为联军的一部分，陈兵于闽粤边境，直接牵制和威胁广州国民政府，成为北伐军的后患。蒋介石鉴于闽粤边境敌我力量悬殊，力主稳健，反对急切进攻。何应钦则认为，由于北伐军在两湖江西战场节节胜利，周荫人闽军士气不振，加之其士兵多为北方人，不善山地野战，更兼竭力搜括，闽省民众恨之入骨，各地民军蜂起，福建战事有胜算把握，因此向蒋介石请战。蒋介石表示同意，并将入闽作战的各军合编为东路军，任命何应钦为东路军总指挥。北伐军在福建的战事较为顺利。自永定开始，北伐军连克同安、泉州、仙游、莆田、永泰，一路所向披靡，闽军纷纷倒戈。闽系海军亦被策反归附革命军。12月2日，北伐军占领福建省城福州，福建全省归入国民政府统治下。